1800-talets senare del var folkrörelsernas tid. Genom frikyrkorörelsen, nykterhetsrörelsen och arbetarrörelsen slöt sig människor i breda lager samman för att förändra stat och samhälle.
År 1866, sex år efter att konventikelplakatet upphävdes och det blev tillåtet att samla större grupper till gudstjänster utanför stadskyrkans hägn, bildades Eskilstuna Missionsförening. Redan till jul samma år kunde föreningens 94 medlemmar inviga ett missionshus i hörnet Gymnastikgatan-Västermarksgatan i kvarteret Värjan.
När församlingen år 1880 anslöt sig till det nybildade Svenska Missionsförbundet förlorade församlingen missionshuset genom en splittring. Men redan året därpå hade församlingen byggt ett nytt missionshus vid Nybrogatan 2, mellan Fristadstorget och Eskilstunaån.
Efter två årtionden var lokalerna slitna och behövde renoveras. Byggmästare F.A. Hjort, en av församlingens medlemmar, hävdade emellertid att man i stället för renovering skulle bygga om missionshuset helt och ge det en ”prydligare arkitektur”, som han tyckte krävdes av ett hus i detta centrala och väl synliga läge. Hjort tyckte också att missionshusets lokaliteter inte längre motsvarade de krav som verksamheten krävde. Församlingen hade nu vuxit och hade över 400 medlemmar.
[custom-embed script="PGlmcmFtZSBzcmM9Ii8vZ2lwaHkuY29tL2VtYmVkL2wwRXhjTEdGZnpSNnVZbTZRIiB3aWR0aD0iNDgwIiBoZWlnaHQ9IjI3NiIgZnJhbWVCb3JkZXI9IjAiIGNsYXNzPSJnaXBoeS1lbWJlZCIgYWxsb3dGdWxsU2NyZWVuPjwvaWZyYW1lPjxwPjxhIGhyZWY9Imh0dHBzOi8vZ2lwaHkuY29tL2dpZnMvbDBFeGNMR0ZmelI2dVltNlEiPnZpYSBHSVBIWTwvYT48L3A+"]
Byggmästare Hjort hade måhända gått händelserna och besluten i förväg och på eget bevåg redan anlitat arkitekt Gerdt Hallberg (Eskilstunas första stadsarkitekt 1898–1902) för att ta fram ett förslag till ombyggnad. Redan till julen 1903, samma år som beslutet fattades, var den genomgripande ombyggnaden klar.
I samband med omvandlingen av det gamla missionshuset till en pampig kyrka fick den namnet Sankt Eskilskyrkan. Det var ett något oväntat initiativ att ge en frikyrka namn efter ett katolskt helgon, men samtidigt ett sätt att förankra kyrkan i den stad som tagit sitt namn efter den katolske missionären och föra arvet efter Sankt Eskil vidare.
Sankt Eskilskyrkan var nu ”en liten romansk katedral med dubbeltorn” för att citera arkitekturhistorikern Göran Lindahl, som också konstaterade att kyrkan med sina rundbågade fönster hade en ”stilistisk eftersläpning” på ungefär 30 år.
Marken närmast Eskilstunaån består till stor del av lera. Vid den här tiden lades grunden för stora byggnader på en så kallad rustbädd, som består av korsvis lagda bjälkar av trä på vilka grundmurarna vilar. En förutsättning för rustbädden är att den ligger under grundvattennivån. Om grundvattennivån sänks är risken stor att rustbäddarna börjar ruttna. Detta är sannolikt vad som drabbade Sant Eskilskyrkan.
På grund av stora nybyggen med djupa källarvåningar i närheten av kyrkan sjönk grundvattnet, med följd att kyrkan fick kraftiga sättningar. Stora sprickor uppstod i väggarna, tornen började luta ut över Nybrogatan och golvet kom att slutta på flera ställen i kyrkan!
Kyrkan gick inte att rädda. Församlingen lät bygga en ny kyrka vid Båtsmansgatan, intill Järntorget i Nyfors. När den nya kyrkan, som fick överta den gamla kyrkans namn, stod klar 1961 revs den gamla. Därmed försvann ett pampigt hus i raden av offentliga byggnader som då utgjorde stadsfront mot å-rummet och ersattes av ett mediokert kontorshus.
Till skillnad från Svenska kyrkans kyrkobyggnader har frikyrkornas gudstjänstlokaler aldrig haft något generellt byggnadsantikvariskt skydd. ”Inget annat byggnadsbestånd har blivit så hänsynslöst utplånat som frikyrkorna” konstaterar Fredric Bedoire i ”Den svenska arkitekturens historia”.