Köpet annonserades i februari och har nu godkänts av Konkurrensverket.
"Med en ny stabil och engagerad nordisk ägare kommer vi att fortsätta att utvecklas", säger Filip Thunell, vd för MTRX, i ett pressmeddelande.
Tågoperatören MTRX trafikerar sträckan Stockholm–Göteborg, vilket kommer fortsätta med de nya ägarna. MTRX har omkring 130 anställda som nu blir en del av VR.