Affären innebär att modeikonen stannar kvar i rollen som kreativ ledare fram till slutet av nästa år, enligt ett uttalande från Estée Lauder.
Företaget, grundat av Estée Lauder tillsammans med maken Joseph efter andra världskriget, är en av världens största aktörer inom sektorn. Tom Ford i sin tur grundades 2005 efter att designern Tom Ford valt att lämna italienska Gucci.