Mannen greps efter att en kvinna, också hon i 40-årsåldern, ringt polisen under natten och anmält en våldtäkt som ska ha inträffat i Eskilstuna under måndagen.
– Som jag förstår det ska den ha inträffat i en bostad tidigare på kvällen eller under dagen, säger Erik Terneborn, polisens presstalesperson.
Polisen ryckte ut och grep mannen i kvinnans bostad. Enligt polisen ska mannen och kvinnan ha någon form av relation.
Kvinnan fördes till sjukhus för undersökning men ska enligt polisen inte skadats fysiskt i samband med händelsen.
Mannen anhölls senare under natten misstänkt för våldtäkt efter beslut av åklagare.