Våldtäkten som pojken är misstänkt för ska ha inträffat söndagen den 4 december. Brottsrubriceringen innebär att målsägaren är under 15 år. I det här fallet är målsägaren en tonåring, och bekant till den misstänkte.
Brottet ska ha skett i samma bostadsområde, inomhus men inte i den bostad som pojken bor i.
Att misstänkta så unga som 16 år häktas är ovanligt. I fjol häktades totalt 160 personer i hela landet, i åldrarna 15-17 år. I åldersgruppen 18-20 år häktades 1 046 personer.
Skälet till att så få unga i åldern 15 till 17 år häktas är, enligt Åklagarmyndigheten, att personer under 18 år enligt barnkonventionen och svensk lag bara i undantagsfall (synnerliga skäl) ska vara häktade och ha restriktioner.
Enligt åklagaren i det aktuella fallet, assistensåklagare Susanne Cermenius, föreligger synnerliga skäl för häktning.
Efter en timslång häktningsförhandling i torsdags beslutade tingsrätten att 16-åringen ska häktas.
Enligt åklagaren har socialstjänsten i Eskilstuna försökt att hitta en plats på SiS-anstalt, som alternativ till häktning. Det har dock inte lyckats.
Åtal ska väckas senast den 22 december. Det är inte sannolikt att utredningen hinner avslutas tills dess men häktningstiden får oavsett vilket inte pågå längre än tre månader.
16-åringen är inte tidigare dömd för brott. I mitten av november i år valde Åklagarkammaren i Eskilstuna att inte väcka åtal mot pojken för ringa narkotikabrott, utan nöjde sig med en straffvarning.