Den misstänkta sexakten ska ha ägt rum mellan pojken och flickan i Eskilstuna i slutet av förra året. Flickan var då endast 13 år gammal och 16-åringen är misstänkt för att ha genomfört samlaget trots att han visste att flickan var under 15 år.
Pojken är även misstänkt för olaga hot. Två månader efter det misstänkta sexbrottet ska han enligt åtalet ha hotat att skada eller döda flickan via en chatt.
16-åringen förnekar brott.