Det var runt 18-tiden på fredagen som polisen larmades till apoteket på Sveaplan med anledning av att en man kommit in med ett vasst tillhygge.
– Personalen kände att det var en hotfull situation, säger polisens presstalesperson Mats Pettersson.
Mannen, som är i 30-årsåldern, omhändertogs och anhölls senare.
Händelsen rubriceras i nuläget som rån.
– Men det kan komma att ändras, säger Mats Pettersson.
Det är ännu oklart om mannen stulit något. Ingen blev fysiskt skadad vid händelsen.
Under lördagen höll apoteket stängt med anledning av händelsen.