Den 48-åriga mannen och flickan var ensamma en stund i en lägenhet i Eskilstuna den 29 oktober i fjol. Mannen ska under den perioden ha utsatt flickan för något som åklagaren beskriver som ett "hänsynslöst utnyttjande, utifrån flickans låga ålder".
Av stämningsansökan framgår att flickan senare berättade om handlingarna för andra vuxna och polisen kopplades in.
Den misstänkte 48-åringen greps en knapp vecka efter brottet och är alltjämt häktad.
Han är tidigare dömd för bland annat hemfridsbrott, misshandel och mordbrand på 00-talet som gav fängelse i två år.
2015 kom han att åtalas för mordbrand igen efter att ha anlagt en brand i en soptunna utanför en bilfirma vid Stålforsbron. Han friades dock av såväl tingsrätt som hovrätt.
2021 dömdes han till dagsböter för våldsamt motstånd, och 2022 till samhällstjänst för våld mot tjänsteman och våldsamt motstånd.
48-åringen förnekar brott beträffande barnvåldtäkten.