Våldtäkten ska ha skett i en bostad i Fröslunda i fredags natt.
En Eskilstunabo i 30-årsåldern, som sedan i söndags varit anhållen, har häktats misstänkt för en våldtäkt.
Häktningförhandlingen ägde rum vid Eskilstuna tingsrätt vid lunchtid under onsdagen.
Brottet ska ha skett i en bostad i Fröslunda natten mellan fredag och lördag. Han anhölls i sin frånvaro i lördagskväll och greps under söndagsnatten i Stockholmsregionen.
Enligt kammaråklagare Emma Harris kan den misstänkte mannen inte kopplas till det våldtäktsförsök som drabbade en kvinna i 20-årsåldern som attackerades när hon promenerade i Kronskogen söndagen den 21 juli. Det ärendet utreds som försök till våldtäkt och har ännu inte lett något gripande.
– Vi har förstås tittat på det men det ser inte ut att finnas någon koppling. I det här fallet känner den misstänkte och målsägaren varandra, och det skedde inomhus, säger Emma Harris.
Enligt kammaråklagare Emma Harris ska det inte finnas något samband mellan våldtäkten i Fröslunda och det våldtäktsförsök som skedde i närliggande Kronskogen i juli.
Enligt åklagaren har den misstänkte förnekat brott.
Han förekommer i belastningsregistret och har bland annat lagförts för narkotikabrott och tillgreppsbrott, dock inga sexualbrott. Han har de senaste åren avtjänat flera kortare fängelsestraff.
Att den misstänkte kunde gripas i Stockholm beskrivs som en tillfällighet då det skedde "i samband med ett annat ärende", som åklagaren uttrycker det. Mer uppgifter än så vill hon dock inte dela.
Den misstänkte greps i söndags och har begärts häktad. Förhandlingen hålls i Eskilstuna tingsrätt under onsdagen.