Stoppet inträffade klockan 18.12 på kvällen och berodde enligt Trafikverket på en "befarad olyckshändelse".
Ett tåg, på väg mot Stockholm, ska ha fått stanna i höjd med Barva.
Trafikverket hade vid 19.30-tiden ännu inga uppgifter om när tågen skulle kunna fortsätta efter olyckan. Men vid 20-tiden kom nya besked.
Enligt MTR:s presstalesperson skulle då trafiken vara på gång igen och anledningen till stoppet var att en rovfågel hade blivit påkörd av ett tåg.
– Vi har haft polis och räddningstjänst på plats som har flyttat rovfågeln från spåret. Ersättningsbussar var på ingång men det är avbeställt nu då tågtrafiken är på väg att komma igång igen, säger MTR:s presstalesperson vid klockan åtta på torsdagskvällen.
Enligt Trafikverket kan följande stationer påverkas av stoppet under kvällen: Eskilstuna C, Strängnäs, Läggesta, Nykvarn, Södertälje Syd, Flemingsberg, Huddinge, Stuvsta, Älvsjö, Årstaberg, Stockholms Södra och Stockholm Central.
Även under onsdagen blev det stopp i tågtrafiken mellan Eskilstuna och Strängnäs. Även då låg en olycka bakom stoppet, enligt Trafikverket. Enligt uppgifter från tågstationen i Eskilstuna ska ett fordon kört in i en bro.