Enligt Mälartåg orsakades stoppet av ett tillbud. Enligt uppgifter till Sveriges radio P4 Sörmland ska tåget kört på ett större isblock.
Tågstoppet startade 17.16 på tisdagen. Länge fanns det ingen prognos för när stoppet skulle kunna hävas.
Enligt Trafikverket kom emellertid trafiken igång igen efter drygt en timme.
Enligt Trafikverket påverkades tågtrafiken på följande stationer: Södertälje Syd, Örebro S, Örebro C, Arboga, Kungsör, Eskilstuna C, Strängnäs, Läggesta, Nykvarn, Flemingsberg, Stockholm C, Arlanda C, Knivsta och Uppsala C.
Det kan även bli följdförseningar efter stoppet.