Tågtrafiken på sträckan kommer att ställas in från klockan 15.07 på lördag till klockan 14.45 på söndag, skriver Trafikverket på sin webb.
Dessutom kommer tågtrafiken att vara stillastående från klockan 22 på söndag kväll till klockan fem på måndag morgon.
Andra tåg som passerar Flen medan banarbetet pågår riskerar att bli något försenade.