Det var den 5 juni förra året som pojken ska ha våldtagit en tjej som låg och sov. Händelsen ska ha ägt rum i Flens kommun. Ynglingen nekar till brott.
Tonåringen åtalas också för en rad andra brott. Bland annat våld- och hot mot tjänsteman. Ynglingen ska den 27 september förra året, enligt åtal, ha hotat att döda två poliser och deras familjer, samt slagit den ena polisen i ansiktet.
Samma dag som hoten skett ska pojken ha ringt polisen och ljugit om att en man dragit in en kvinna i skogen.
Tonåringen åtalas också för olovlig körning efter att ha kört personbil i Sparreholm den 16 juli ifjol. Det brottet erkänner han.
Tillsammans med en annan person i samma ålder, också han bosatt i Flens kommun, åtalas killen också för att tidigare samma år, den 5 maj, ha misshandlat två personer på en skola i Flens kommun.
Enligt åtalet har de två killarna jagat ner två andra ungdomar i en trappa där de inte hade möjlighet att undkomma, och sedan knäat och slagit dem.
I det här fallet nekar den ena killen till brott medan den andra varken erkänner eller förnekar till brott.
Vidare åtalas den andra ynglingen även för hot mot tjänsteman efter att samma dag ha hotat en kvinnlig lärare som tänkte sätta ett underkänt betyg på honom. Han ska också ha sagt åt kvinnan att "ställa sig upp om hon vågar". Han förnekar brott.
Tidningen har sökt åklagare för en kommentar.