Hemmalagets anfallare Adnan Cirak fastställde slutresultatet i 90:e minuten då han utnyttjade ett friläge på bästa sätt.
Matchens första mål gjordes av inhoppande vänsterbacken Daniel Berglund i 68:e minuten.
– Oavgjort hade nog varit rättvist, vi kan mycket bättre än så här, säger tränaren Joakim Helgstrand.
Som lät viktiga kuggar som Dan Wikström, Jonte Forssman och Daniel Berglund börja på bänken.
Med från start var dock det tänkta nyförvärvet Karwan Zarifnejad (från Syrianska Kerburan) som spelade en timme som central mittfältare.
Även Eskilstuna Uniteds damer har träningsmatchat under lördagen. Division 1-laget föll dock igen. Den här gången hemma mot IFK Norrköpings DFK, med 1-3 (0-2). För Uniteds mål svarade inhopparen Maja Österholm.