Händelsen inträffade när de två var ute och jagade älg.
Ingen av dem skadades fysiskt, och björnen sköts till döds.
– Det kunde lika gärna ha varit en katastrof här i kväll. Att jag hade haft en son mindre, säger pappan till P4 Gävleborg på lördagskvällen.
Polisen har inlett en förundersökning om grovt jaktbrott för att kunna utreda händelseförloppet.
Pappan säger att han och den elvaårige sonen närmade sig ett hål i marken, som visade sig vara ett ide, när björnen plötsligt kom utrusande i riktning mot pojken.
Pappan hann snabbt få upp sitt gevär och sköt ihjäl björnen innan den nådde fram till pojken.
– Jag hinner bara tänka att den ska inte få gå på min son. Björnen är bara nån meter från honom, säger han.