Annonsen föreställer en maskerad man med ett blått pannband med texten "Unrwa" som förbyts i Hamas gröna färger – följt av budskapet att mannen står på Unrwas lönelista, enligt radion.
"Det här är en annons som aldrig borde ha publicerats", säger Karin Nyman, HR- och kommunikationsdirektör på TV4 till P3 Nyheter.
Hon uppger att annonsen har köpts via ett annonsnätverk vilket innebär att ingen människa har varit inblandad i inköpet, något som strider mot regelverket för köp av så kallade känsliga annonser.
John Sjölund, försäljningsdirektör på Bonnier News, skriver i ett mejl till SR att deras utredning av händelsen visar att annonsen köpts av den israeliska staten. Annonsen är nu borttagen på båda sajterna.
Israel har anklagat Unrwa för att dess anställda ska ha varit inblandade i terrorattacken den 7 oktober förra året. En intern FN-granskning visade att nio anställda kan ha varit det. I oktober förbjöds organisationen att verka i Israel.