Eskilstunalaget öppnade piggt och tog efter runt 20 minuter ledningen. Michael Larsson nådde högst och nickade in en hörna.
Men Älvsjös kvittering kom bara en kort stund senare och därefter stod sig 1–1 till pausen.
Robin Larsen, duktig mittback hos gästerna, råkade illa ut efter drygt en kvart av andra halvlek.
– Han fick en smäll på höftpartiet och jag vet inte hur allvarligt det är. Men Robin tvingades utgå och Alexander Ohlsson hann knappt komma in förrän han råkade göra ett självmål, berättar Helgstrand.
City flyttade upp för att få till en kvittering. Närmast kom Dan Wikström med ett stolpskott.
– Tyvärr kontrade Älvsjö in trean när klockan stod på 90 och bara tilläggstiden återstod, säger Eskilstunagängets tränare.
Han framhöll högeryttern William Celsing.
– När han satte fart hade motståndarna ingen chans att hänga med.
På andra kanten gjorde Peyman Zarifnejad debut från start i City och fick betyget godkänd.