Orsaken till det tidigare stoppet är obehöriga i spårområdet mellan Södertälje Syd och Flemingsberg.
"Detta påverkar all trafik mellan Stockholms Central - Göteborg/Malmö/Eskilstuna/Norrköping och omvänt", skriver Trafikverket under fredagseftermiddagen.
Vissa följdförseningar kan kvarstå under kvällen.