Hon skriver själv på Facebook att hon tog beslutet sedan partiordförande Jakob Elleman-Jensen direkt krävt det av henne.
"Jag förstår att detta delvis beror på hans brist på förtroende för min linje i ett antal politiska frågor", skriver hon.
Inger Støjberg, som på senare tid också varit rättspolitisk talesperson för Venstre, var Danmarks invandrings- och integrationsminister 2016.
Då fick den danska migrationsmyndigheten en instruktion från departementet om att skilja alla asylsökande par åt där den ena parten var minderårig. Åtgärden visade sig senare vara olaglig, eftersom ingen individuell bedömning gjorts av varje par.
Hot om riksrätt
En utredande kommission har inte funnit några bevis på att Støjberg gav en direkt instruktion om att bryta mot lagen.
Däremot fann kommission att hon varnats för att åtgärden var olaglig, och att parlamentet Folketinget vilseförts i frågan.
Därför har en möjlig riksrättsprocess hängt över henne under senare tid.
Elleman-Jensen – som på senare tid blivit allt mer tydlig med att det är dags för Støjberg att packa sina väskor och gå – har också klargjort att partiet skulle stödja en riksrättsprocess om det visar sig finnas grund för en sådan.
Støjberg säger att flera ledamöter av Venstres högsta verkställande organ bad henne avgå under ett möte på tisdagen.
Nu attackeras hon av den tidigare vice partiordföranden Kristian Jensen, som också innehaft flera tunga danska ministerposter.
"Oerhört och oförlåtligt"
Jensen säger att Støjberg valt att svika Elleman-Jensen, svika det verkställande organet och att svika Venstre.
"Det är inte acceptabelt. Det är oerhört och oförlåtligt", skriver Jensen på Facebook.
Han beklagar att Venstre nu åter hamnade i en ledarstrid, men skriver också att han av erfarenhet vet att sådana strider kan vara så infekterade att något radikalt måste till.
"Inger är inte dömd för något i en rättssal. Men hon har blivit ombedd att att avgå eftersom hennes handlingar inte är förenliga med att vara en del av Venstres ledning. Jag är ledsen över att det har gått så här långt men tycker att det är rätt att hon nu har dragit sig tillbaka", skriver Jensen.