Händelsen förärades en flaggceremoni på en förläggning i utkanten av huvudstaden Ouagadougou med högre officerare från båda länderna.
Förra månaden sade Burkina Fasos regering upp ett avtal från 2018 om fransk militär närvaro och Frankrike bekräftade att så skulle ske inom fyra veckor.
Uppmaningen att lämna landet kom från juntaledaren Ibrahim Traoré som tog makten i en kupp i september 2022. Det finns omkring 400 franska soldater i Burkina Faso
Tidigare har franska styrkor lämnat grannlandet Mali efter liknande krav.
Regionen plågas av attacker från islamistisk extremister.