"Detta är ett av de hårdaste slagen som har utdelats mot utbrytarna från Farc. Och vi pratar om en kriminell person som har begått mord och brott i över 25 år", säger presidenten i ett uttalande.
Euclides Espana – även kallad Jhonier – var terroriststämplad av USA och den colombianska regeringen hade utlyst en belöning på cirka sju miljoner svenska kronor för information som kunde leda till hans gripande.
Jhonier dödades i en insats ledd av militären med stöd av lokal polis i Tacueyo i regionen Cauca i sydvästra Colombia.
Det finns fortfarande omkring 5 000 rebeller i landet i två olika utbrytargrupper, enligt en uppskattning av tankesmedjan Indepaz.