Flera personer skadades dessutom allvarligt, enligt räddningsmyndigheter och öns borgmästare.
Bilar slogs omkull, träd vältes och tak skadades när tornadon drog fram tidigt i fredags kväll. En sjukvårdare har beskrivit "apokalyptiska" scener och enligt italienska medier slungades de två dödsoffren ut från sina respektive bilar.
Vulkanön Pantelleria ligger söder om Sicilien och är populär bland turister.