Flodbåten uppges ha kapsejsat på fredagskvällen efter att ha avseglat mot regionen Bolomba.
– Tiotals personer saknas fortfarande och sökandet fortsätter efter överlevande, sade Chrispin Mputu sin inrikesminister i provinsen Equateur där olyckan inträffade.
Men lokala organisationer tror att dödstalet är klart högre. En representant för organisationen Medveten generation säger till franska nyhetsbyrån AFP att antalet döda är närmare 50 och att ytterligare 100 personer saknas.
Den officiella passagerarlistan uppges ha gått förlorad, säger inrikesministern Mputu.
Över 200 personer befann sig ombord på flodbåten, enligt Medveten generation. Den var också lastad med varor och byggnadsmaterial, berättar Joseph Boyoko Lokondo på organisationen.
Den lokala radiostationen Radio Okapi rapporterar att olyckan berodde på att fartyget var "överlastat".
I en båtolycka 2019 på sjön Kivu mellan Kongo Kinshasa och Rwanda omkom över 100 personer.