79-åringen flyttades från fängelset den 6 augusti för att undersökas för en okänd åkomma och har varit kvar där sedan dess.
Sjukhusbesöket innebar att fortsättningen på korruptionsrättegången mot Zuma fick lov att skjutas upp.
Han avtjänar sedan förra månaden ett 15 månader långt fängelsestraff för domstolstrots, sedan han vägrat framträda inför en kommission i en annan korruptionsutredning.