Den ene omkom omedelbart medan den andre soldaten avled senare av sina skador.
Det var under ett rutinuppdrag i Bizerte i de norra delarna av landet som militärhelikoptern kraschade.
– Andrepiloten dödades i kraschen och piloten, som var svårt skadad, fördes snabbt till regionsjukhuset i Bizerte, där han avled, säger försvarsdepartementets talesperson Mohamed Zekri till AFP.
I början på oktober i fjol inträffade en liknande olycka då tre tunisiska soldater dödades i en helikopterkrasch under en övning i Gabes i södra Tunisien.