All personal som inte är helt nödvändig för uppdrag har skickats hem som en försiktighetsåtgärd.
"Vår personals säkerhet är vår högsta prioritet", skriver Nato på X.
På basen i Geilenkirchen finns Nato-flyg med varnings- och kontrollsystemet Awacs.
Förra veckan gick ett larm om misstänkt vattensabotage vid en militär flygbas utanför Köln, där det också fanns ett hål i ett stängsel. Vattnet där gav sedan prov på "ovanliga" värden, enligt den tyska militären. Basen hölls då stängd i flera timmar.
I samband med det kom även rapporter om observationer av misstänkt aktivitet vid basen i Geilenkirchen, rapporterade nyhetsbyrån DPA.