Senast den 15 september vill Austin att vaccinationerna ska vara i gång.
USA:s president Joe Biden applåderar beslutet.
"Försvarsminister Austin och jag delar en orubblig beslutsamhet om att våra soldater ska ha alla verktyg de behöver för att utföra sina jobb på ett så säkert sätt som möjligt. Dessa vaccin kommer att rädda liv. Punkt", säger presidenten i ett uttalande som publiceras på Vita husets sajt.