Där ska han delta i en fackelceremoni i staden Hiroshima och träffa landets premiärminister Yoshihide Suga, uppger insatta källor för nyhetsbyrån Kyodo.
Med knappt 100 dagar kvar till OS-invigningen är mycket fortfarande oklart på grund av pandemin. Thomas Bach väntas dock ge sitt stöd till Japans åtagande att arrangera ett säkert OS, trots att landet den senaste tiden drabbats av en ett ökat antal smittofall.
Så sent som under fredagen införde landet ytterligare restriktioner i tio regioner på grund av smittspridningen.
Yoshihide Suga uppgav samma dag att han är fast besluten att gå vidare med OS-planerna.