Matcherna ska spelas på respektive lags hemmaplan.
Tyskland, som klarat coronakrisen bra jämfört med många andra europeiska länder, får inte del av pengarna.
"FC Bayern ser sitt bidrag som en symbol för att stödja ett enat Europa där alla tar ansvar för varandra", skriver den tyska klubben i pressmeddelandet.
Dess ordförande Karl-Heinz Rummenigge tillägger:
"Trots all uppoffring och alla problem har vi i Tyskland har vi kanske tur att vårt sjukvårdssystem visats sig vara uthålligt i denna kris. Men vi ser hemska bilder från Italien och Spanien, länder som är bland de hårdast drabbade i Europa av pandemin".
I München ska Bayern möta Real Madrid. Den spanska storklubben möter Inter på hemmaplan och Inter tar emot Bayern München i Milano.
Datum för matcherna är ännu inte bestämt.