Ngozi Okobi gjorde också ett mål för segrarna, målen för IK Uppsala gjordes av Marika Bergman-Lundin och Beata Olsson.
För Eskilstuna United gör resultatet att man nu ligger på sjätte plats i tabellen, medan IK Uppsala är på tolfte och sista plats.
I nästa match möter Eskilstuna United Linköping hemma på söndag 11 oktober 15.00.