Fredagens match i Superettan slutade 2-3.
Leo Lif stod för AFC Eskilstunas avgörande mål på tilläggstid.
Inget av lagen fick in något mål under första halvlek, men efter pausen slog Pashang Abdulla till och gav Jönköping ledningen.
1-1-målet var ett självmål av Jönköping i 65:e minuten.
Ledningsmålet till 1-2 kom i slutminuterna, med fyra minuter kvar att spela, när Aliyu Yakubu slog till och gjorde mål för AFC Eskilstuna framspelad av Armin Culum.
Men Jönköping hann ändå med ett kvitteringsmål. Pashang Abdulla gjorde det på övertid, på nytt.
Direkt därefter var det Leo Lif som såg till att AFC Eskilstuna tog ledningen.
Jönköping har två vinster, två oavgjorda en förlust och 11-10 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan AFC Eskilstuna har två vinster, en oavgjord och två förluster och 5-9 i målskillnad. Det här var AFC Eskilstunas andra uddamålsseger.
För AFC Eskilstuna gör resultatet att man nu ligger på elfte plats i tabellen, medan Jönköping är på sjätte plats.
I nästa omgång har AFC Eskilstuna Östersunds FK hemma på Tunavallen, söndag 21 maj 13.00.