I den 45:e minuten fick AFC Eskilstuna Victor Fors utvisad.
Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 59:e minuten innan Daniel Ljung gav Jönköping ledningen.
Med en knapp halvtimme kvar att spela nätade Daniel Ljung ännu en gång och ökade ledningen för Jönköping. Det fastställde slutresultatet till 0-2.
AFC Eskilstuna har en vinst, två oavgjorda och två förluster på de senaste fem matcherna, medan Jönköping har två vinster, två oavgjorda och en förlust.
Jönköping ligger på elfte plats i tabellen efter matchen, medan AFC Eskilstuna är på sjunde plats.
I nästa match möter AFC Eskilstuna Brommapojkarna borta på måndag 15 augusti 19.00.