Matchen fick ingen riktig karaktär förrän Värnamo tog ledningen efter en knapp halvtimmes spel, genom Francis De Vries.
Värnamo ökade också ledningen till 0-2 i 37:e minuten, genom Victor Larsson. Andra halvlek blev mållös och matchen slutade med seger för Värnamo med 2-0.
Med tre omgångar kvar är AFC Eskilstuna på tolfte plats i tabellen, medan Värnamo leder serien.
Nästa motstånd för AFC Eskilstuna är Falkenberg. Lagen möts söndag 7 november 13.00 på Falcon Alkoholfri Arena.