Hemmalagets mål gjordes av Marcus Haglind-Sangré, Nicklas Maripuu och Oscar Pehrsson, medan bortalagets mål noterades på Wilhelm Loeper och Ryan Williams.
Det här betyder att AFC Eskilstuna ligger på tolfte plats i tabellen, och Akropolis är på femte plats.
I nästa omgång har AFC Eskilstuna Trelleborg hemma på Tunavallen, onsdag 21 oktober 19.00.