Laget vann med 3-2 (1-1) borta på NP3 Arena.
Målskyttarna bakom segern var Ljungbergm Christian, Chidi Dauda Omeje och Samuel Nnamani. Pontus Engblom och Jamie Hopcutt gjorde målen för GIF Sundsvall.
För hemmalaget betyder resultatet sjunde plats i tabellen. AFC Eskilstuna är på elfte plats.
I nästa omgång har AFC Eskilstuna Örgryte hemma på Tunavallen, måndag 12 oktober 19.00.