Ahmed Ibrahim och Hugo Wingemark gjorde ett mål var för Eskilstuna City.
Därmed har Eskilstuna City fem raka segrar på hemmaplan.
Eskilstuna City har tre segrar och två förluster på de senaste fem matcherna, medan Karlstad Fotboll har fyra vinster och en förlust.
Eskilstuna City stannar därmed på fjärde plats, och Karlstad Fotboll toppar fortfarande tabellen.
Nästa motstånd för Eskilstuna City är Köping FF. Lagen möts söndag 12 juni 14.00 på Köpings IP.