Matchen slutade 0-2 (0-1) efter mål av Albin Flodkvist och Simon Lundevall.
Huddinge har en oavgjord och fyra förluster och 2-8 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan IFK Eskilstuna har två vinster, två oavgjorda och en förlust och 10-13 i målskillnad.
I tabellen innebär det här att IFK Eskilstuna nu ligger på elfte plats. Huddinge är på 14:e och sista plats.
Nästa motstånd för IFK Eskilstuna är Åtvidaberg. Lagen möts fredag 7 juni 19.30 på Tunavallen.