Hampus Bley stod för Värmdös avgörande mål på stopptid.
Trosa Vagnhärad fick en bra start på matchen. Tolga Dobrev gjorde målet, redan i 19:e minuten.
I 21:a minuten kom 1-1 genom ett snöpligt självmål. Med en dryg halvtimme kvar att spela nätade Alige Barrow och gav Trosa Vagnhärad ledningen.
Det såg länge ut att gå mot seger för Trosa Vagnhärad. Med fem minuter kvar att spela kvitterade Värmdö genom Henrik Brink.
I den 89:e minuten fick Värmdö Dante Lancellotti Da Silva utvisad, och fick spela med en man mindre sista sista minuterna.
Det matchavgörande målet kom på tilläggstid, när Hampus Bley slog till och gjorde 2-3 för Värmdö. Bley fullbordade därmed Värmdös vändning.
Det här var Trosa Vagnhärads tredje uddamålsförlust den här säsongen.
Trosa Vagnhärad stannar därmed på tolfte och sista plats, och Värmdö på tionde plats, i tabellen.
Nästa motstånd för Trosa Vagnhärad är Viljan. Lagen möts fredag 9 juni 19.00 på Vasavallen.