Antonius Alias gjorde två och Samuel Fagerberg ett mål för Viljan.
Segeltorp har två oavgjorda tre förluster på de senaste fem matcherna, medan Viljan har två vinster, en oavgjord och två förluster.
För tabellens utseende betyder det här att Segeltorp ligger på elfte plats medan Viljan har niondeplatsen.
I nästa omgång har Viljan FoC Farsta hemma på Vasavallen, torsdag 26 maj 14.00.