Antonius Alias och Sebastian Gustavsson gjorde ett mål var för Viljan.
Efter en mållös första halvlek var Viljan starkare i andra halvlek.
Med fyra omgångar kvar är Viljan på tionde plats i tabellen, medan IFK Lidingö är på femte plats.
Lördag 16 september 13.00 spelar Viljan borta mot Eskilstuna FC.