Segern var Flens fjärde på de senaste fem matcherna.
Flen tog en tidig ledning. Gustaf Falk gjorde målet, redan i tionde minuten.
Katrineholm U kvitterade till 1-1 i 25:e minuten, genom Walid Farah Ali.
Flen tog ledningen på nytt i 32:a minuten, genom Abdillahi Abdillahi.
Bara sju minuter senare var det Azizbek Karlsson som såg till att Flen ökade ledningen till 1-3. Det dröjde till den 71:a minuten innan Azizbek Karlsson ökade ledningen. Det fastställde slutresultatet till 1-4.
Katrineholm U har en vinst, två oavgjorda och två förluster på de senaste fem matcherna.
Katrineholm U har nu fem poäng och Flen har tolv poäng när båda lagen har spelat fem matcher.
Söndag 5 juni 15.00 spelar Flen hemma mot Malmköping U.