Amadou Junior Tandia blev matchhjälte med sitt avgörande 2-1-mål efter 63 minuter.
IFK Eskilstuna tog en tidig ledning. Eldin Lugonja slog till, redan i 18:e minuten.
Nacka FC kvitterade till 1-1 på tilläggstid i första halvleken, genom Amadou Junior Tandia. Med en knapp halvtimme kvar att spela nätade Amadou Junior Tandia ännu en gång och avgjorde matchen. Därmed hade Nacka FC vänt matchen.
Förlusten var IFK Eskilstunas fjärde uddamålsförlust.
I tabellen innebär det här att Nacka FC nu ligger på åttonde plats. IFK Eskilstuna är på elfte plats.
I nästa omgång har IFK Eskilstuna Smedby AIS hemma på Tunavallen, lördag 12 augusti 16.00.