Lagets halvtidsledning utökades i andra halvlek till seger 4-0 (1-0) hemma på Tunavallen.
Segern var Eskilstuna Citys fjärde på de senaste fem matcherna.
Peyman Alkoyun gjorde tre mål för Eskilstuna City. Ett av Eskilstuna Citys mål var ett självmål.
Eskilstuna City har fyra segrar och och en förlust på de senaste fem matcherna, medan Arboga Södra har fem förluster.
Eskilstuna City ligger på andra plats i tabellen efter matchen, medan Arboga Södra ligger sist, på tolfte plats.
Nästa motstånd för Eskilstuna City är Torsby. Lagen möts lördag 14 maj 14.00 på Björnevi.