Eskilstuna FC leder serien två poäng före IFK Nyköping.
IFK Nyköping är ny tvåa i tabellen.
Segern var Eskilstuna FC:s femte på de senaste sex matcherna, och fjärde bortasegern i rad.
Hemmalagets båda mål gjordes av Amir Strukan, medan Ted Henriksson 2, Herash Azizi och Nicklas Mcleod gjorde gästernas mål.
IFK Nyköping har tre vinster och två förluster på de senaste fem matcherna.
I nästa omgång har Eskilstuna FC Ärla hemma på Ekängens IP, tisdag 14 juni 19.00.