Yoann Fellrath gjorde två mål, övriga mål för hemmalaget gjordes av Villiam Granath och Mikael Mörk.
Skövde AIK har två segrar, en oavgjord och två förluster på de senaste fem matcherna, medan AFC Eskilstuna har två vinster och tre förluster.
Resultatet innebär att Skövde AIK ligger kvar på sjätte plats och AFC Eskilstuna på sjunde plats i tabellen.
Nästa motstånd för AFC Eskilstuna är Örebro. Lagen möts lördag 1 oktober 13.00 på Tunavallen.