Segermålet för Brage stod Niklas Söderberg för efter 74 minuter.
Gästande Brage började bäst och gjorde 0-1 redan i matchupptakten. Efter bara tre minuter slog Johan Arvidsson till framspelad av Seth Hellberg.
Brage ökade ledningen till 0-2 tidigt i matchen, genom Joakim Persson, i 14:e minuten.
I 17:e minuten nätade Ashley Coffey, framspelad av Victor Fors och reducerade åt AFC Eskilstuna.
AFC Eskilstuna kvitterade till 2-2 i 26:e minuten, genom York Rafael framspelad av André Alsanati. Det dröjde till den 74:e minuten innan Niklas Söderberg avgjorde matchen. 2-3-målet blev matchens sista.
AFC Eskilstuna har två vinster och tre förluster på de senaste fem matcherna, medan Brage har två vinster, en oavgjord och två förluster. Det här var AFC Eskilstunas nionde uddamålsförlust den här säsongen.
Brages nya tabellposition är tredje plats, medan AFC Eskilstuna är på sjunde plats.
I nästa match möter AFC Eskilstuna Skövde AIK borta på söndag 18 september 13.00.