Isak Vidjeskog blev matchhjälte efter 49 minuter med sitt avgörande 1-0-mål.
Inget av lagen fick in något mål under första halvlek, men efter pausen slog Isak Vidjeskog till på pass av Mikael Mörk och gav Skövde AIK ledningen.
Skövde AIK har en seger, en oavgjord och tre förluster och 4-9 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan AFC Eskilstuna har en vinst, tre oavgjorda och en förlust och 4-4 i målskillnad. Förlusten var AFC Eskilstunas andra uddamålsförlust.
För AFC Eskilstuna gör resultatet att man nu ligger på 14:e plats i tabellen, medan Skövde AIK är på 16:e och sista plats.
AFC Eskilstuna tar sig an Helsingborg i nästa match hemma söndag 11 juni 13.00.