Camilla Olsson blev matchhjälte efter 64 minuter med sitt avgörande 1-0-mål.
Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 64:e minuten innan Camilla Olsson gjorde 1-0 för Gamla Upsala, vilket stod sig matchen ut.
Eskilstuna har två vinster och tre förluster och 4-9 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Gamla Upsala har fyra vinster och en oavgjord och 12-3 i målskillnad. Det här var Eskilstunas tredje uddamålsförlust den här säsongen.
Gamla Upsala ligger på tredje plats i tabellen efter matchen, medan Eskilstuna är på tionde plats.
Eskilstuna tar sig an Umeå i nästa match borta söndag 18 juni 16.00.