Ruben Wikman stod för Värmdös avgörande mål efter 51 minuter.
Inget av lagen lyckades göra mål under första halvlek, men efter pausen slog Ruben Wikman till och gav Värmdö ledningen.
I den 91:a minuten fick Trosa Vagnhärads Maxemilian Törnkvist Angestav rött kort, och fick spela med en man mindre sista minuterna.
Värmdö har en seger, en oavgjord och tre förluster och 8-11 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Trosa Vagnhärad har en oavgjord och fyra förluster och 2-12 i målskillnad. Förlusten var Trosa Vagnhärads sjunde uddamålsförlust.
Med två omgångar kvar är Värmdö på elfte plats i tabellen, och Trosa Vagnhärad är på tolfte plats.
Nästa motstånd för Trosa Vagnhärad är Viljan. Lagen möts lördag 30 september 14.00 på Häradsvallen.