Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 67:e minuten innan Haris Brkic gav Trelleborg ledningen.
2-0-målet kom i slutminuterna, med två minuter kvar att spela, när Henry Offia slog till och gjorde mål framspelad av Nicolas Mortensen. Det fastställde slutresultatet till 2-0.
För hemmalaget betyder resultatet åttonde plats i tabellen. AFC Eskilstuna är på elfte plats.
Lördag 16 september 13.00 spelar AFC Eskilstuna hemma mot Örgryte.